Sul finire della primavera dell’anno 1972 il sindaco Giacinto Iaia, considerato il crescente numero degli studenti francavillesi in entrata nella scuola media, decreta la nascita di una terza scuola nel comune di Francavilla Fontana. 

Il provveditore agli studi di Brindisi affida l’incarico di Dirigente Scolastico della futura scuola al Preside Andrea De Franco, il quale accetta ponendo come condizione che il sindaco di Francavilla Fontana deliberasse la destinazione del terreno per il nuovo edificio. In attesa della realizzazione di una propria sede, la scuola media Terzo Nucleo avvia la propria attività presso i locali del Convento dei Frati Francescani.

Nei mesi successivi, prima dell’inizio dell’anno scolastico 1972/1973, viene individuato un suolo di 14.000 metri quadrati e nasce così la scuola Terzo nucleo.

Nel giro di qualche mese la scuola cresce raggiungendo venti classi e si pone così la necessità di reperire nuovi locali scolastici. Essi vengono individuati nelle aule al terzo piano del Liceo Classico che ospiterà per alcuni anni gli alunni della scuola Terzo nucleo.

 Il nome inizialmente proposto dai docenti è “Francesco d’Assisi”, proclamato patrono universale della ecologia dal nuovo Papa Giovanni Paolo II. Tuttavia il nome definitivo della scuola diviene “San Francesco”.

 Nel marzo 1982, terminati i lavori della sede a tre piani in via Isonzo, il Comune dispone il trasferimento delle classi per l’inizio del successivo anno scolastico, in settembre. Il preside De Franco impone, invece, con la collaborazione di tutte le componenti scolastiche, l’immediato trasferimento. 

Il 22 marzo ogni classe lascia la vecchia sede del Convento francescano occupando la nuova in via Isonzo.

La scuola festeggia i suoi 50 anni con l’avvio dei lavori di ristrutturazione della sede scolastica, pur continuando a garantire a pieno ritmo la fruizione delle attività didattiche curriculari ed extracurriculari ai propri studenti e ad offrire a tutti loro continue occasioni di crescita attraverso l’incontro con personalità di rilievo della società civile e culturale.